Zur Zeit des Rotliegenden setzte mit der variszischen Orogenese eine Phase der Hebung (Gebirgsbildung) ein. Das Waldecker-Land war als Teil einer Schwelle ein Hochgebiet, in der es vermutlich nicht oder nur geringfügig zur Ablagerung von Sedimenten kam. Die starke Rötung von karbonischen Sedimenten unterhalb der Zechstein-Diskordanz, zeigt einen starken oxidierenden Einfluss (vermutlich von der Atmosphäre) an. Einige reliktische Rotsedimente in der Frankenberger Gegend werden von verschiedenen Autoren dem Rotliegenden zugeordnet.

Mit dem Zechstein dringt das Meer von Norden her wieder in das Waldecker-Land vor. Die Ablagerungen der vordringenden Küstenlinie sind durch ein Aufarbeitungskonglomerat gekennzeichnet. Bei dem sich ausbreitenden Meer handelt es sich um eine arides Flachmeer. Durch die hohe Verdunstungsrate reichert sich die Konzentration der Salze im Wasser an, bis sie beginnen auszufallen. Entsprechend ihrer Löslichkeit fallen die verschiedenen Salz in einer bestimmten Reihenfolge aus (Kalk, Gips, Steinsalze). Durch Wiederholung diese Vorgangs entstehen salinare Zyklen. Der Zechstein ist in Deutschland wird durch sieben (nicht wie oft geschrieben durch vier) dieser Zyklen aufgebaut. Die Zyklen sind jedoch primär nicht immer vollständig ausgebildet. Verschiedene Salze können sekundär durch Lösungsprozesse aus dem Gestein verschwinden und nur noch Residual-Brekzien hinterlassen. So finden sich heute in oberflächlichen Ausbissen dieser Zyklen nur noch resistentere Mineralien wie Kalk und Gips.

Durch das differenzierte morphologische Relief und die verschiedenen Resistenzen der Gesteine, entstanden zu Beginn des Zechstein heterogene Faziesräume mit flachen Becken,

Inseln und tiefen Fjord-ähnlichen Seearmen. Dies führte im Waldecker Raum zu einer sehr differenzierten Ausbildung des basalen Zechsteins (Schwarzschiefer vs. Bryozoen-Riffe vs. Produktiden-Kalke) . Die Ablagerung der Zechstein-Sedimente glich die morphologischen Unterschiede aus, so das höhere Zyklen meist sehr homogen über die ganze Region ausgebildet sind.

Viele Autoren führen für den Zechstein nur vier Zyklen auf. Die Werra-, Staßfurt-, Leine- und Aller-Folge sind im Gelände leicht nachzuweisen. Die folgenden Zyklen sind vielerorts schwer zu differenzieren. Sie werden oft nicht erkannt und dann bereits dem Buntsandstein zugeordnet.

Durch die Einebnung wird nicht nur das Relief ausgeglichen sondern das Wasser kann nun überall gut durchmischt werden. So geht die Bildung reduzierenden Schwarzschiefer-Ablagerungen zurück. Während kurzzeitiger Hebungen werden gegen Ende des z1 Bodenhorizonte mit Karneolknollen gebildet. Das Meer des z2 dringt wieder vor und es entstehen zum zweiten Mal Kalk- und Gips-Ablagerungen. Ein erneuter Rückgang des Meeres lässt sich durch das Auftreten von Trockenrissen belegen. Der Plattendolomit des z3 -wieder eine marine Ablagerung- zeigt ein unterschiedliches Auftreten, so finden sich neben Beckeninternen Plattenkalken auch Algenkalke, Schillkalke und Tonsteine. Die Aller-Folge ist im Waldecker-Raum nur noch sehr geringmächtig ausgeprägt. Ihre sandig-karbonatische Ausbildung lässt sich hier nicht sicher von den nachfolgenden Zyklen unterscheiden. So führt diese Folge direkt in die Bröckelschiefer der Fulda-Folge über. Es handelt sich um meist rot bis graue Abfolge von siltig-tonigen Gesteinen mit schwankender Mächtigkeit (weniger als 60m).